Muxtar Respublikada aparılan kadr və struktur dəyişikliklərinin əsas hədəfləri insanların qayğısına qalınması, korrupsiya və rüşvətxorluqla mübarizə, şəffaflığın təmin edilməsi, mərkəzi icra orqanları ilə sıx təmasın qurulmasıdır. Prezidentin xüsusi nümayəndəsinin təyin edilməsi Naxçıvanda idarəçiliyin daha çevik olmasını da şərtləndirəcək.
Azərbaycanda idarəetmə sistemində yeni yanaşmalar və dəyişikliklər müşahidə edilir. Vətən müharibəsindən sonra Qarabağ, Zəngəzur iqtisadi rayonları və Şuşa rayonu ilə bağlı xüsusi nümayəndəlik institutu yaradıldı. Müasir dünyanın çağırışları fonunda idarəetmə sistemində aparılan islahatlar Naxçıvan Muxtar Respublikasından da yan keçmədi. Naxçıvanda hüquq-mühafizə orqanları tərəfindən aparılan əməliyyatlar korrupsiya faktı ilə yanaşı idarəetmədə də ciddi problemlər olduğunu ortaya qoydu. Ardınca isə Naxçıvan Ali Məclisinin sədri Vasif Talıbov istefa verdi. Prezident İlham Əliyev tərəfindən isə Naxçıvanda Azərbaycan Prezidentinin səlahiyyətli nümayəndəliyi institutu yaradıldı və Fuad Nəcəfli xüsusi nümayəndə təyin edildi. Elə həmin gün F.Nəcəflini qəbul edən dövlət başçısı ona tapşırıqlarını verdi, hansı məsələlərə diqqət etməli olduğunu çatdırdı. Qeyd etdi ki, Fuad Nəcəfli insanların qayğısına qalmalı, korrupsiya və rüşvətxorluqla mübarizə aparmalı, şəffaflığı təmin etməli, düzgün kadr siyasəti həyata keçirməli, mərkəzi icra orqanları ilə sıx təmasda fəaliyyət göstərməlidir.
Milli Məclisin deputatı Bəhruz Məhərrəmov bildirdi ki, Fuad Nəcəflini qəbul edərkən prezidentin verdiyi tapşırıqlar həm ötən dövrə verilən prinsipial qiymət, həm də atılmalı addımlar üçün “yol xəritəsi” hesab edilməlidir: “Prezidentin tapşırığı ondan ibarət oldu ki, səlahiyyətli nümayəndə insanların qayğısına qalmalı, korrupsiya və rüşvətxorluqla mübarizə aparmalı, şəffaflığı, düzgün kadr siyasətini həyata keçirməli, mərkəzi icra orqanları ilə sıx təmasda fəaliyyət göstərməlidir. Həqiqətən də bu illər ərzində Naxçıvanda çatışmayan, problemlərin kökündə dayanan məqamlar məhz bu amillər olub. Təəssüf ki, insanların rifah halının yaxşılaşdırılmasına son 27 ildə Naxçıvanda 3-cü, 4-cü dərəcəli məsələ kimi baxılıb. Muxtar Respublikanın yalnız 3 mərkəzi icra orqanında aparılan ilkin yoxlamalar yarım milyard manata yaxın korrupsiya faktını üzə çıxardı. Bu, Naxçıvanda korrupsiyanın sistemli hal alması demək idi. Təsadüfi deyil ki, indiyədək dövlət orqanlarının çoxunun fəaliyyəti barədə açıq mənbədə olmalı informasiyalar qapalı tutulub, heç bir formada ictimai nəzarət mexanizminə imkan verilməyib”.
B.Məhərrəmovun sözlərinə görə, dövlət başçısının səlahiyyətli nümayəndəyə verdiyi tapşırıqlardan ən diqqətçəkəni isə mərkəzi icra orqanları ilə sıx təmasda fəaliyyətlə bağlı oldu: “Vasif Talıbovun Muxtar Respublikaya rəhbərliyi dövründə həqiqətən də Naxçıvanın aidiyyəti strukturları üçün qanunun aliliyindən daha çox, onun özünün iradəsi vacib olub. Nəticədə Naxçıvanın nazirlik və komitələrinin mərkəzi icra orqanları ilə əlaqələri protokol xarakteri daşıyıb. Bu isə Muxtar Respublikada nəzarətsizlik, cəzasızlıq mühiti formalaşdırıb. Əhalinin Bakıya, Türkiyənin müxtəlif şəhərlərinə kütləvi axını da məhz qeyd edilən yarıtmaz fəaliyyətlə bağlı olub. Təbii ki, sual oluna bilər ki, bu illər ərzində Muxtar Respublikada müsbətə doğru hər hansı dəyişiklik olmayıbmı? Əlbəttə ki, olub. Faktdır ki, Naxçıvanda bu illər ərzində genişmiqyaslı işlər, o cümlədən böyük infrastruktur layihələr həyata keçirilib, qazlaşdırma 100 faiz təmin edilib, enerji təchizatı, müasir yolların inşa olunması, səhiyyə və təhsil obyektlərinin tikintisi, yeni iş yerlərinin yaradılması istiqamətində işlər görülüb. Lakin bu işlər Naxçıvan rəhbərliyinin fəaliyyətinin, təşəbbüskarlığının nəticəsində yox, şəxsən cənab İlham Əliyevin Naxçıvan Muxtar Respublikasına göstərdiyi daimi diqqəti sayəsində və onun birbaşa tapşırığı ilə həyata keçirilib. Həyata keçirilən son tədbirlərin, kadr və struktur dəyişikliyinin isə qədim yurdumuz Naxçıvan üçün tamamilə yeni perspektivlər açacağı şübhə doğurmur”.